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Conversor de formato Molecular

Subir archivos con la molécula o pasta / tipo de molécula en la zona de abajo. Entrada MedlinePlus Select y formatos ouput y presione 'Convertir!' botón.
Molécula en el formato de entrada
Formato de entrada
Formato de salida
Opciones          

Uso del convertidor de formato molecular

Esta herramienta convierte datos de estructura molecular entre diferentes formatos de archivos comúnmente utilizados en química computacional y modelado molecular. Puede cargar un archivo o pegar datos moleculares directamente en el área de texto.

Simplemente seleccione su formato de entrada, pegue o cargue sus datos moleculares, elija el formato de salida deseado y haga clic en "Convertir" para obtener la estructura convertida.

Opciones de conversión

Coordenadas del centro

Centra la estructura molecular en el origen (0,0,0). Útil para estandarizar posiciones moleculares.

Añadir hidrógenos

Añade automáticamente átomos de hidrógeno a la estructura cuando es químicamente apropiado. Útil al convertir desde formatos que no incluyen hidrógenos explícitamente.

Eliminar hidrógenos

Elimina todos los átomos de hidrógeno de la estructura. Útil para crear representaciones simplificadas o reducir el tamaño del archivo.

Ejemplos de entrada

Ejemplo de formato XYZ
3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Primera línea: número de átomos, Segunda línea: título/comentario, Líneas siguientes: símbolo del átomo y coordenadas x, y, z

Ejemplo de formato SONRISAS
CCO

Representa etanol: CCO con hidrógenos implícitos

Ejemplo de formato MOL
  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Contiene coordenadas de átomos e información de conectividad de enlaces.

Consejos para obtener los mejores resultados

  • Asegúrese de que su selección de formato de entrada coincida con su formato de datos real
  • Para las conversiones de 2D a 3D, es posible que sea necesario optimizar las coordenadas después de la conversión.
  • Al convertir a formatos de química computacional, verifique la carga y la multiplicidad
  • Las estructuras grandes pueden tardar más en procesarse: tenga paciencia con las moléculas complejas.
  • Algunas conversiones de formato pueden perder información (por ejemplo, órdenes de bonos en formato XYZ)
  • Verifique siempre que la estructura de salida sea químicamente razonable.

Limitaciones de tamaño de archivo

El tamaño máximo del archivo es 1,024 KB. Para archivos más grandes, considere dividirlos en estructuras más pequeñas o utilizar software de escritorio.

Lista completa de formatos moleculares admitidos

Este convertidor admite más de 100 formatos de archivos moleculares diferentes a través de OpenBabel. La siguiente tabla muestra todos los formatos disponibles y sus capacidades:

FormatoDescripciónAporteProducción
abinitABINIT Output Format✓
acesinACES input format✓
acesoutACES output format✓
acrACR format✓
adfADF cartesian input format✓
adfbandADF Band output format✓
adfdftbADF DFTB output format✓
adfoutADF output format✓
alcAlchemy format✓✓
aoforceTurbomole AOFORCE output format✓
arcAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format✓
asciiASCII format✓
axsfXCrySDen Structure Format✓
bgfMSI BGF format✓✓
boxDock 3.5 Box format✓✓
bsBall and Stick format✓✓
c09outCrystal 09 output format✓
c3d1Chem3D Cartesian 1 format✓✓
c3d2Chem3D Cartesian 2 format✓✓
cacCAChe MolStruct format✓
caccrtCacao Cartesian format✓✓
cacheCAChe MolStruct format✓
cacintCacao Internal format✓
canCanonical SMILES format✓✓
carAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format✓
castepCASTEP format✓
cccCCC format✓
cdjsonChemDoodle JSON✓✓
cdxChemDraw binary format✓
cdxmlChemDraw CDXML format✓✓
chtChemtool format✓
cifCrystallographic Information File✓✓
ckChemKin format✓✓
cmlChemical Markup Language✓✓
cmlrCML Reaction format✓✓
cofCulgi object file format✓✓
comGaussian Input✓
confabreportConfab report format✓
CONFIGDL-POLY CONFIG✓✓
CONTCARVASP format✓✓
CONTFFMDFF format✓✓
copyCopy raw text✓
crk2dChemical Resource Kit diagram(2D)✓✓
crk3dChemical Resource Kit 3D format✓✓
csrAccelrys/MSI Quanta CSR format✓
cssrCSD CSSR format✓
ctChemDraw Connection Table format✓✓
cubGaussian cube format✓✓
cubeGaussian cube format✓✓
dallogDALTON output format✓
dalmolDALTON input format✓✓
datGeneric Output file format✓
dmolDMol3 coordinates format✓✓
dxOpenDX cube format for APBS✓✓
entProtein Data Bank format✓✓
exyzExtended XYZ cartesian coordinates format✓✓
faFASTA format✓✓
fastaFASTA format✓✓
fchGaussian formatted checkpoint file format✓
fchkGaussian formatted checkpoint file format✓
fckGaussian formatted checkpoint file format✓
featFeature format✓✓
fhFenske-Hall Z-Matrix format✓
fhiaimsFHIaims XYZ format✓✓
fixSMILES FIX format✓
fpsFPS text fingerprint format (Dalke)✓
fptFingerprint format✓
fractFree Form Fractional format✓✓
fsFastsearch format✓✓
fsaFASTA format✓✓
g03Gaussian Output✓
g09Gaussian Output✓
g16Gaussian Output✓
g92Gaussian Output✓
g94Gaussian Output✓
g98Gaussian Output✓
galGaussian Output✓
gamGAMESS Output✓
gamessGAMESS Output✓
gaminGAMESS Input✓✓
gamoutGAMESS Output✓
gauGaussian Input✓
gjcGaussian Input✓
gjfGaussian Input✓
gotGULP format✓
gprGhemical format✓✓
gr96GROMOS96 format✓
groGRO format✓✓
gukinGAMESS-UK Input✓✓
gukoutGAMESS-UK Output✓✓
gzmatGaussian Z-Matrix Input✓✓
hinHyperChem HIN format✓✓
HISTORYDL-POLY HISTORY✓
inchiInChI format✓✓
inchikeyInChIKey✓
inpGAMESS Input✓✓
insShelX format✓
jinJaguar input format✓✓
joutJaguar output format✓
kCompare molecules using InChI✓
lmpdatThe LAMMPS data format✓
logGeneric Output file format✓
lpmdLPMD format✓✓
maeMaestro format✓✓
maegzMaestro format✓✓
mcdlMCDL format✓✓
mcifMacromolecular Crystallographic Info✓✓
MDFFMDFF format✓✓
mdlMDL MOL format✓✓
ml2Sybyl Mol2 format✓✓
mmcifMacromolecular Crystallographic Info✓✓
mmdMacroModel format✓✓
mmodMacroModel format✓✓
mnaMultilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)✓
molMDL MOL format✓✓
mol2Sybyl Mol2 format✓✓
moldMolden format✓✓
moldenMolden format✓✓
molfMolden format✓✓
molreportOpen Babel molecule report✓
mooMOPAC Output format✓
mopMOPAC Cartesian format✓✓
mopcrtMOPAC Cartesian format✓✓
mopinMOPAC Internal✓✓
mopoutMOPAC Output format✓
mpMolpro input format✓
mpcMOPAC Cartesian format✓✓
mpdMolPrint2D format✓
mpoMolpro output format✓
mpqcMPQC output format✓
mpqcinMPQC simplified input format✓
mrvChemical Markup Language✓✓
msiAccelrys/MSI Cerius II MSI format✓
msmsM.F. Sanner's MSMS input format✓
nulOutputs nothing✓
nwNWChem input format✓
nwoNWChem output format✓
orcaORCA output format✓
orcainpORCA input format✓
outGeneric Output file format✓
outmolDMol3 coordinates format✓✓
outputGeneric Output file format✓
paintPainter format✓
pcPubChem format✓
pcjsonPubChem JSON✓✓
pcmPCModel Format✓✓
pdbProtein Data Bank format✓✓
pdbqtAutoDock PDBQT format✓✓
pngPNG 2D depiction✓
pointcloudPoint cloud on VDW surface✓
posPOS cartesian coordinates format✓
POSCARVASP format✓✓
POSFFMDFF format✓✓
povPOV-Ray input format✓
pqrPQR format✓✓
pqsParallel Quantum Solutions format✓✓
prepAmber Prep format✓
pwscfPWscf format✓
qcinQ-Chem input format✓
qcoutQ-Chem output format✓
reportOpen Babel report format✓
resShelX format✓
rinchiRInChI✓
rsmiReaction SMILES format✓✓
rxnMDL RXN format✓✓
sdMDL MOL format✓✓
sdfMDL MOL format✓✓
siestaSIESTA format✓
smiSMILES format✓✓
smilesSMILES format✓✓
smySMILES format using Smiley parser✓
stlSTL 3D-printing format✓
svgSVG 2D depiction✓
sy2Sybyl Mol2 format✓✓
t41ADF TAPE41 format✓
tddThermo format✓✓
textRead and write raw text✓✓
thermThermo format✓✓
tmolTurboMole Coordinate format✓✓
txtTitle format✓✓
txyzTinker XYZ format✓✓
unixyzUniChem XYZ format✓✓
VASPVASP format✓✓
vmolViewMol format✓✓
wlnWiswesser Line Notation✓
xedXED format✓
xmlGeneral XML format✓
xsfXCrySDen Structure Format✓
xyzXYZ cartesian coordinates format✓✓
yobYASARA.org YOB format✓✓
zinZINDO input format✓

Nota: Los formatos de imagen (PNG, SVG) y los formatos de impresión 3D (STL) son solo de salida y generan representaciones visuales o modelos 3D de estructuras moleculares en lugar de datos de coordenadas.

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